Конспекты Юджина

COVID-19: самое интересное за неделю (13–19.03.23)

Evgeny Nedilsky·23 Mar 2023

Омикрон и варианты SARS-СoV-2

При омикроне частота повторных заражений COVID-19 сильно увеличилась по сравнению с предыдущими вариантами SARS-COV-2

Более 90% случаев повторных заражений за почти всё время пандемии приходится на омикрон. Раньше повторные заражения происходили в основном после появления новых вариантов SARS-CoV-2 (альфа, бета, дельта). Сейчас переболевшие в результате заражения одним подвариантом омикрона (например, BA.1) с высокой вероятностью могут переболеть из-за заражения другим подвариантом (например, BA.2), даже если эти подварианты различаются между собой всего несколькими мутациями.

Как часто повторно болеют при омикроне? Были зарегистрированы случаи реинфекции омикроном спустя всего 3 недели после предыдущего заражения омикроном. 1 из 7 инфекций из-за омикрона (14,7%) происходили спустя всего 2,5 месяца (10 недель) после предыдущего заражения. А среднее время реинфекции при омикроне составляло около полугода (22 недели).

COVID-19: самое интересное за неделю (13–19.03.23), image #1
Источник: Analysis of well-annotated next-generation sequencing data reveals increasing cases of SARS-CoV-2 reinfection with Omicron (Communications Biology, research article, 18.03.23)

Омикрон XBB почти так же сильно отличается от уханьского SARS-CoV-2, как SARS-CoV-2 от SARS-COV-1, поэтому некоторые учёные считают, что XBB даже можно было бы назвать SARS-CoV-3

Отличие вирусных вариантов в данном контексте прежде всего оценивается антигенным побегом.

Омикрон был обнаружен почти 1,5 года назад. Уже тогда он сильно отличался от любых других распространённых вариантов SARS-CoV-2. С тех пор появилось большое количество различных подвариантов омикрона. Раньше новые волны COVID-19 создавались новыми вариантами SARS-COV-2: альфа, затем бета, затем дельта (и другими). Теперь же новые волны COVID-19 происходят по причине появления новых подвариантов омикрона: сперва омикрона BA.1, затем — BA.2, после — BA.4/5, а сейчас — омикрона XBB и его потомков: XBB 1.5 и XBB.1.9.1. Мы называем подвариантами омикрона большое число различных последовательностей SARS-CoV-2, которые порой сильно эволюционно удалены друг от друга. Заражение одними из первых подвариантов омикрона обеспечивает лишь слабую защиту от омикрона XBB.

Если говорить про иммунитет людей, то за 3 с лишним года пандемии накопилось большое количество комбинаций предыдущих заражений различными вариантами SARS-COV-2 и вакцинаций. Переболевшие разными вариантами вируса и привитые разными вакцинами могут быть по-разному защищены, не говоря о других переменных, влияющих на степень защиты от вируса. Научное сообщество пока недостаточно хорошо понимает иммунный импринтинг, когда заражение предыдущими вариантами негативно влияет на иммунный ответ на новые варианты вируса. Как и не знает, будет ли устойчив гибридный иммунитет (инфекция и вакцинация) и насколько. Поэтому пока непонятно, будет ли эффективна стратегия ежегодного обновления вакцин и ежегодной ревакцинации от новых вариантов SARS-COV-2. Пока понятно одно — мы нуждаемся в разработке, проверке и внедрении вакцин от COVID-19 нового поколения, обеспечивающих более стабильную защиту от мутирующего SARS-COV-2.

COVID-19: самое интересное за неделю (13–19.03.23), image #2
Источники:
1. Imprinted hybrid immunity against XBB reinfection (The Lancet Infectious Diseases, comment, 13.03.23)
2. Protective immunity of SARS-CoV-2 infection and vaccines against medically attended symptomatic omicron BA.4, BA.5, and XBB reinfections in Singapore: a national cohort study (The Lancet Infectious Diseases, research article, 13.03.23)

Теперь ВОЗ будет считать подлинии/подварианты омикрона отдельными линиями SARS-СoV-2

Раньше различали варианты SARS-СoV-2, такие как альфа, бета, гамма, дельта, омикрон и др. Уже более года практически все варианты SARS-СoV-2 (более 98% от сиквенсов) — это омикрон с большим разнообразием его подвариантов. При этом подвариантны омикрона могут сильно различаться между собой по своему уклонению от иммунитета и способности эффективно распространяться в популяции. Например, ныне распространяемый XBB.1.5 намного лучше уходит от иммунной защиты переболевших и/или вакцинированных, чем подвариант BА.1. Ранее эти все отличающиеся подварианты обобщали под одним словом — «омикрон», что могло путать. Теперь значимые подлинии/подварианты начнут называть отдельными линиями/вариантами.

Источник: Рабочие определения и система отслеживания вариантов вируса SARS-CoV-2, вызывающих озабоченность, и вариантов, вызывающих интерес (ВОЗ, 16.03.23)

Заражение SARS-CoV-2 у людей с ослабленным иммунитетом может приводить к появлению рекомбинантов вируса. В исследование описывают случай рекомбинации дельта и омикрона у заражённого с иммунопатологией.

Источник: SARS-CoV-2 Co-Infection in Immunocompromised Host Leads to Generation of Recombinant Strain (International Journal of Infectious Diseases, research article, 14.03.23)

Польза от вакцин на основе мРНК от COVID-19 даже при омикроне в десятки раз перевешивает потенциальные риски

Соотношение польза/риск для третей дозы вакцины от Pfizer варьировалась от 6,8 для подростков мужского пола 12–17 лет без хронических заболеваний до 221,3 для пожилых женщин старше 65 лет. Для вакцины от Moderna: от 7,2 для мужчин 18–29 лет без хронических заболеваний до 101,4 для женщин старше 65 лет с хроническими заболеваниями.

Чем больше цифра — тем больше пользы от вакцин по сравнению с рисками (например, соотношение пользы и риска 101,4 к 1, то есть польза в более 100 раз вероятнее). Если цифра меньше 1, то риски перевешивают пользу. Примечательно, что ни для одного из случаев соотношение польза/риск не было меньше 1.

Источник: Risk and benefit of mRNA COVID-19 vaccines for Omicron variant by age, sex and presence of comorbidity: a quality-adjusted life years analysis (American Journal of Epidemiology, manuscript, 14.03.23)

Омикрон, для самостоятельного чтения:

Омикрон и вакцинация, для самостоятельного чтения:

Постковидный синдром / последствия COVID-19

SARS-CoV-2 может бессимптомно присутствовать много месяцев в организме людей без иммунодефицита. Введение одной дозы векторной вакцины от COVID-19 помогает избавиться от вируса

В исследовании участвовали 23 молодых человека, в организме которых SARS-COV-2 находился в среднем 128 дней (до 191 дня). У этих людей не было иммунодефицита или сопутствующих хронических заболеваний. Однако у них был нарушен иммунный ответ на SARS-CoV-2, проявляющийся в слабом ответе интерферонов, антител и Т-клеток. У 10 из этих людей РНК SARS-CoV-2 присутствовал в организме даже спустя 18 недель (более 5 месяцев), именно их решили привить вакциной от COVID-19.

Всем 10 заражённым была введена одна доза векторной вакцины Ковиденция (она же CanSino или AD5-nCOV). Эта вакцина похожа на другие векторные вакцины, такие как AstraZeneca или Спутник V. Вторая доза Спутника V также как Ковиденция использует аденовирусный вектор 5-го серотипа. Вакцинация вызвала быстрый ответ антител и B-клеток, что позволило всем заражённым избавиться от вируса. При этом антитела против SARS-CoV-2, индуцированные вакцинацией, оставались активными более 6 месяцев.

COVID-19: самое интересное за неделю (13–19.03.23), image #3
Источник: Successful clearance of persistent SARS-CoV-2 asymptomatic infection following a single dose of Ad5-nCoV vaccine (Signal Transduction and Targeted Therapy, research article, 15.03.23)

Переболевание COVID-19 повышает вероятность появления эректильной дисфункции в ближайшие полгода на 27%

В исследовании в течение 6,5 месяцев после COVID-19 у 1,42% переболевших мужчин развилась эректильная дисфункция. По сравнению с непереболевшими мужчинами у инфицированных эректильная дисфункция развивалась на 27% чаще.

COVID-19: самое интересное за неделю (13–19.03.23), image #4
Источник: Prior COVID-19 infection associated with increased risk of newly diagnosed erectile dysfunction (International Journal of Impotence Research, research article, 15.03.23)

У каждого четвёртого ребёнка, рождённого от заражённой SARS-СoV-2 матери, выявлены задержки в развитии нервной системы

В исследовании принимал участие 51 ребёнок возрастом от 16 до 18 месяцев, все дети были доношенными, но их матери во время беременности были бессимптомно заражены SARS-СoV-2 или переболели COVID-19 в лёгкой форме. Пока непонятно, в какой степени и в каких ситуациях причина была в воздействии на плод SARS-СoV-2, а в каких — в социально-поведенческих изменениях, вызванных рождением во время пандемии. Ко второй причине могут относиться, например, стрессовые факторы во время пандемии и/или снижение игровой активности ребёнка. Поскольку выборка в исследовании довольно мала, и оценивались только дети матерей с бессимптомным заражением или лёгкой инфекцией, нужны дополнительные исследования, чтобы точнее оценить процент детей с задержками в развитии, а также конкретные механизмы воздействия вируса и пандемии.

COVID-19: самое интересное за неделю (13–19.03.23), image #5
Источник: Developmental screening of full-term infants at 16 to 18 months of age after in-utero exposure to maternal SARS-CoV-2 infection (Journal of Perinatology, research article, 17.03.23)

Для самостоятельного чтения:

Вакцины

Уголовная ответственность за введение вакцины на основе мРНК

COVID-19: самое интересное за неделю (13–19.03.23), image #6

Появилась радостная новость для антипрививочников и лжеэкспертов, но грустная для придерживающихся научных взглядов людей. В штате Айдахо (США) хотят принять закон, предусматривающий уголовную ответственность за введение вакцины на основе мРНК.

Ещё в прошлом году Брэд Литтл, губернатор штата Айдахо, решил объявить вне закона в своём штате вакцины на основе мРНК. Законопроект 154 запрещает использование любых вакцин на основе мРНК (не только от COVID-19) и объявляет нарушителем закона любого, кто предоставляет их или вакцинирует ими людей. Согласно этому закону, практикующие врачи могут быть оштрафованы или даже приговорены к тюремному заключению.

Пока неизвестно, примут ли этот закон. Но сам факт, что такие инициативы продвигаются на уровне известных политиков, означает наиболее агрессивное поведение за последнее время по отношению к науке и доказательной медицине. Этот закон может помешать клиническим испытаниям вакцин от респираторно-синцитиального вируса (РСВ), ВИЧ и рака. Вряд ли производители вакцин и учёные захотят проверять вакцину в штате, где за это можно стать нарушителем закона.

Антипрививочники оказывают всё большее влияние на общество и политику в целом ряде стран. Это касается и некоторых стран с низким уровнем медицины, и даже богатых стран с развитой медициной. Ранее похожий законопроект предложили в другом американском штате — Северной Дакоте. Но Сенат его не одобрил. Однако, если такие настроения продолжатся, есть вероятность, что закон против вакцин могут принять. Некоторые врачи уже задумываются, стоит ли им работать в штате, где господствуют настолько антинаучные взгляды.

Технология вакцин на основе матричной РНК (мРНК) разрабатывалась более 30 лет. Вакцины проверялись сперва на животных, а затем на людях. В 2008 году вакцина на основе мРНК от меланомы была введена 15 добровольцам для первоначальной проверки на безопасность. Позже были проверены вакцины на основе мРНК против ВИЧ и вируса Зика, и это было задолго до пандемии COVID-19.

Источник: Physicians Say an Idaho House Bill That Would Criminalize Administering mRNA Vaccines Is an Attack on the Medical Profession—Even If It Doesn’t Become Law (JAMA, news, 15.03.23)

У мужчин после вакцинации от COVID-19 в семенной плазме обнаруживаются антитела к SARS-CoV-2. Но они никак НЕ влияют на качество спермы и мужскую фертильность.

Источник: Detection of antibodies to SARS-CoV-2 after vaccination in seminal plasma and their association to sperm parameters (International Journal of Infectious Diseases, research article, 16.03.23)

Вакцинация от COVID-19 может приводить к временным нарушениям менструального цикла у 1 из 5 женщин. При этом вакцины НЕ приводят к аномальным маточным кровотечениям (АМК). У женщин, применяющих комбинированные контрацептивы, вероятность нарушения цикла была ниже, а у курящих — наоборот выше.

Источник: A retrospective case-control study on menstrual cycle changes following COVID-19 vaccination and disease (iScience, research article, 14.03.23)

Для самостоятельного чтения:

Новые вакцины

Для самостоятельного чтения:

Диагностика

Для самостоятельного чтения:

Препараты

Для самостоятельного чтения:

Течение COVID-19

SARS-СoV-2 иногда может помогать бороться с колоректальным раком

В исследовании разбираются несколько случаев, когда у пациентов с метастатическим колоректальным раком (мКРР) наблюдалось уменьшение прогрессирования заболевания после COVID-19. В каждом из случаев пациенты прошли несколько курсов химиотерапии и до заражения SARS-СoV-2 у всех у них наблюдалось прогрессирование мКРР. После заражения SARS-СoV-2 у пациентов было выявлено повышенная активность естественный клеток-киллеров, направленных на клетки с рецепторами ACE2 и NRP1. Пока непонятно, может ли SARS-СoV-2 убивать некоторые раковые клетки напрямую или косвенно, вызывая повышенный иммунный реакцию против этих клеток. Важный момент: регрессирование метастазов наблюдается не у всех пациентов! Поэтому делать выводы пока рано, нужны дополнительные исследования. Возможно, лучшее понимание этих механизмов может дать нам новые терапевтические подходы в борьбе с некоторыми видами рака.

Источники:
1. Uncovering a link between COVID-19 and renal cell carcinoma (Nature Reviews Urology, news and view, 13.03.23)
2. SARS-CoV-2 replicates and displays oncolytic properties in clear cell and papillary renal cell carcinoma (PLOS One, research article, 03.01.23)

Определена ещё одна причина, почему у детей COVID-19 протекает значительно легче, чем у взрослых и пожилых. Дело в перекрестном Т-клеточном иммунитете от сезонного коронавируса OC43

Один из четырех «простудных» коронавирусов — HCoV-OC43 приводит к созданию Т-клеток, которые перекрестно реагируют на S-белок SARS-CoV-2. Как правило, люди сталкиваются с ним в первые годы жизни, вырабатывая частичный иммунитет против коронавируса OC43. В исследовании изучили людей в возрасте от 2 до 83 лет. Оказалось, что Т-клетки CD4+ от сезонного коронавируса OC43 перекрестно реактивны против S-белка SARS-CoV-2 и обратно коррелировали с возрастом человека. Пик приходился на 6-летний возраст с последующим снижением Т-клеточного ответа на SARS-COV-2 по мере взросления.

К другим предполагаемым причинам, почему COVID-19 легче протекает у детей, чем у взрослых относятся:

• низкая распространенность у детей серьезных хронических заболеваний;

• меньшее распространённость клеток с ACE2, которые SARS-CoV-2 использует для заражения;

• лучший ответ врожденного и приобретенного (адаптивного) иммунитета на слизистых оболочках против SARS-CoV-2 по сравнению со взрослыми и пожилыми.

Источник: Functional SARS-CoV-2 cross-reactive CD4+ T cells established in early childhood decline with age (PNAS, research article, 15.01.23)

Для самостоятельного чтения:

Группы риска:

Происхождение

Обнаружены новые данные, подкрепляющие гипотезу животного происхождения SARS-СoV-2. ВОЗ обвиняет Китай в сокрытии информации для расследования происхождения вируса

COVID-19: самое интересное за неделю (13–19.03.23), image #7

Недавно выяснилось, что у китайских учёных уже давно были геномные данные, взятые у животных на оптовом рынке морепродуктов в городе Ухань, где произошла первая зарегистрированная вспышка SARS-СoV-2. Эти данные предполагают, что предки SARS-СoV-2 могли находиться у некоторых млекопитающих, таких как енотовидные собаки и циветты, которые продавались на том самом оптовом рынке. Ранее Китай утверждал, якобы эти животные не продавались на рынке, однако сейчас уже известно о незаконной торговле млекопитающими, которыми могли быть носителями вируса. Эти данные ещё сильнее подкрепляют гипотезу о животном происхождении SARS-СoV-2. Китай не спешит сотрудничать с мировым научным сообществом и делиться с ними полученными данными. Однако открытость и сотрудничество очень важны и для улучшения понимания происхождения SARS-СoV-2, и для понимания того, как минимизировать вероятность возникновения новой пандемии.

Источники:
1. Unearthed genetic sequences from China market may point to animal origin of COVID-19 (Science, news, 16.03.23)
2. ‘It’s inexcusable.’ WHO blasts China for not disclosing potential data on COVID-19’s origin (Science, news, 17.03.23)

Поведение

Для самостоятельного чтения:

Другое

Для самостоятельного чтения:

Коронавирусы

Возможная рекомбинация SARS-CoV-2 и MERS-CoV

SARS-CoV-2 и MERS-CoV — это опасные бетакоронавирусы. Первый впервые зарегистрирован в 2019 году, а другой — в 2012-м. У этих коронавирусов есть некоторые отличия в том, как они обычно захватывают клетки. Сарбековирусы, такие как SARS-CoV-2, обычно используют для заражения рецептор ACE2 на наших клетках. В то время как мербековирусы, такие как MERS-CoV, обычно используют рецептор DPP4.

Почему рекомбинация SARS-CoV-2 и MERS-CoV возможна?

Недавнее исследование показало, что MERS-CoV у летучих мышей может использовать для входа в клетки рецептор ACE2. То есть MERS-CoV может заражать клетки, которые уже заражены распространенным по всему миру SARS-CoV-2. И наоборот, SARS-CoV-2 может воспользоваться альтернативными рецепторами CD147, NRP1, ASGR1, KREMEN1 или AXL для входа в клетку, которая уже заражена MERS-CoV. Одновременная инфекция SARS-CoV-2 и MERS-CoV может привести к появлению рекомбинантного β-CoV, SARS-CoV-3 или MERS-CoV-2 с новыми вирусными свойствами.

Какие случаи рекомбинации уже были у SARS-CoV-2 и MERS-CoV?

Рекомбинация между коронавирусами — хорошо задокументированное явление:

• Вспышка MERS-CoV в 2015 году произошла из-за рекомбинации различных линий MERS-CoV.

• Линия SARS-COV-2 XD произошла из рекомбинации дельты и омикрона.

• Линия SARS-CoV-2 XE — из рекомбинации подвариантов омикрона BA.1 и BA.2.

• Подвариант омикрона XBB — это результат рекомбинации BA.2, BJ.1 и BM.1.1.

А были ли случаи одновременного заражения SARS-CoV-2 и MERS-CoV?

Опасный MERS-CoV никуда не исчез. Например, вспышка в Саудовской Аравии в 2015-м привела к 184 заражениям и 36 летальным исходам. В последние годы также регистрируются случаи заражения MERS-CoV. Ещё в начале пандемии COVID-19 в Саудовской Аравии было зарегистрировано 8 случаев одновременного заражения SARS-CoV-2 и MERS-CoV, в итоге 3 из 8 человек умерли. Против MERS-CoV до сих пор нет вакцины, а его примерная летальность 35%, что в ~100 раз больше, чем у SARS-CoV-2 сейчас. В одном из худших случаев рекомбинации омикрона SARS-CoV-2 и MERS-CoV мы можем получить вирус не только с высокой трансмиссивностью (быстро распространяющийся), но и с высокой вирулентностью (часто вызывающий тяжёлую инфекцию и летальный исход).

Учёные напоминают, что сейчас очень важно выполнять скрининг заражённых в местах наиболее возможного появления MERS-CoV. Есть большая необходимость в разработке универсальных вакцин против бетакоронавирусов. Но, к сожалению, в последнее время интерес к коронавирусу снизился, как и финансирование разработки новых вакцин.

COVID-19: самое интересное за неделю (13–19.03.23), image #8
Источник: Potential recombination between SARS-CoV-2 and MERS-CoV: calls for the development of Pan-CoV vaccines (Signal Transduction and Targeted Therapy, research highlight, 15.03.23)

Коронавирусы заражали людей ещё в 16 веке

Самый первый коронавирус был выделен в 1960-х годах. Ранее уже были гипотезы о том, что коронавирусы могут быть намного древнее. Теперь вышло исследования, показывающее, что коронавирусы начали заражать людей как минимум на 3 века раньше, чем считалось ранее.

При раскопках во Франции обнаружено 12 скелетов людей, живших в 13–18 веках. Двое из этих людей жили в 16 веке, при анализе их пульпа зубов выявлены пептиды, которые свидетельствуют о заражении коронавирусом. Их палеосыворотка дала позитивную реакцию с антигенами двух сезонных коронавирусов (229E и OC43) и SARS-СoV-2. Как отмечают авторы исследования, обнаруженные пептиды указывают на бетакоронавирус, который отличается от любого известного современного коронавируса, включая SARS-СoV-2.

Источник: An ancient coronavirus from individuals in France, circa 16th century (International Journal of Infectious Diseases, research highlight, 14.03.23)

Для самостоятельного чтения:

Автор: Евгений Недильский (Конспекты Юджина)
Сказать спасибо за работу: 5536 9138 3126 6560

146 views·12 shares
146 views