Карина Пац о стажировке в Астане
С февраля Карина Пац проходит стажировку в Nazarbayev University (Астана, Казахстан), в школе наук и технологий (Department of Biology).
Поработать в своей лаборатории Карину пригласил профессор Фердинанд Молнар.
«Я познакомилась с профессором Молнаром еще во время обучения в бакалавриате на конференции «Молодая фармация», где выступала с презентацией по своей дипломной работе по исследованию функций белка CIS методами компьютерного моделирования. Тогда он еще преподавал в Университете Восточной Финляндии, но затем переехал в Астану, а во время очередного визита в Санкт-Петербург пригласил меня на стажировку.
Большинство моих коллег здесь занимаются экспериментальной биологией, поэтому знания в области биоинформатики (как геномной, так и структурной) ценятся достаточно высоко. Профессор Молнар хотел бы привлекать больше таких специалистов», — рассказывает Карина.
Проект Карины связан с изучением рецептора витамина D. Он относится к большому семейству ядерных рецепторов и интересен большим числом аллостерических взаимодействий. У него есть целых три сайта связывания: с ДНК, с лигандом и с пептидным коактиватором. При этом каждое из взаимодействий отражается в виде конформационных изменений в других сайтах связывания. Поэтому данный рецептор позволяет проводить моделирование разных видов взаимодействия: белок-белок, белок-лиганд.
Сейчас Карина проводит эксперименты по молекулярной динамике и подбирает необходимые параметры, которые позволят наиболее правильно построить модель с учетом имеющихся литературных и экспериментальных данных по данному рецептору. В целом, цель проекта состоит в том, чтобы оценить предпочтения рецептора в связывании с разными коактиваторами в зависимости от лиганда.
Это важно, поскольку рецептор витамина D может связываться не только с самим витамином D, но и, например, с желчными кислотами, некоторые из которых считаются канцерогенными. В частности, речь о колоректальном раке. Есть также литературные данные о связи гиперэкспрессии ферментов, расщепляющих витамин D, с развитием колоректального рака. Поэтому понимание взаимодействий данного рецептора в зависимости от исходных условий может помочь в определению его роли в канцерогенезе и, возможно, разработке профилактических или терапевтических мер.
Текст: Карина Пац