Обучающий практикум по технологии пространственной транскриптомики SeekSpace
В НИИ онкологии Томского НИМЦ была проведена сложнейшая лабораторная практика по пространственной транскриптомике SeekSpace от компании SeekGene.
Практика проводилась в рамках VI Международной научно-практической школы «Анализ отдельных клеток» (ASCA Workshop 2024). Ее модераторами выступили ученые лаборатории биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии Томского НИМЦ совместно с китайскими коллегами, представителями SeekGene.
Пространственная транскриптомика – современный метод, позволяющий ученым оценить активность генов и совокупность их сложных молекулярных взаимодействий с учетом глубокого понимания пространственной организации клеток в образце ткани.
- Новейшая технология пространственной транскриптомики SeekSpace уникальна тем, что совмещает два решения: первое - позволяющее получать информацию о расположении клеток в исследуемом образце, второе –данные об активности генов (в том числе, их разных изоформ) и некодирующих и вирусных РНК, а также о разных типах генетических нарушений. В сравнении с конкурентами данная технология уникальна также тем, что предоставляет информацию на уровне единичных клеток за счёт анализа клеточных ядер, - отметил заведующий лабораторией биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии Томского НИМЦ, д-р биол. наук Евгений Денисов.
Достоинство нового подхода в том, что изучая разные биологические объекты, можно получить информацию не только о клетках, их составляющих, но и об их расположении и молекулярном портрете, их взаимодействиях друг с другом. «Проще говоря, у нас появляется возможность видеть биологический объект насквозь, несмотря на сложность его строения и комплексность протекающих в нем процессов», - добавил Евгений Денисов.
Теперь технология SeekSpace, после успешной апробации на научно-практической школе, доступна российским исследователям.
- Проведенная лабораторная практика была очень сложной: гораздо сложнее чем то, что мы делали раньше, - рассказала модератор практики Татьяна Геращенко, канд. мед. наук, старший научный сотрудник лаборатории биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии Томского НИМЦ. – Практика проведена успешно, мы получили набор последовательностей ДНК, готовый для секвенирования («чтения»). Полностью оценить информативность метода мы сможем чуть позже, когда завершится секвенирование и станет понятно, какое количество клеточных ядер мы «поймали», как они расположены в образце и какие их молекулярные характеристики удалось выявить.
Лабораторная практика включает в себя следующее высокотехнологичное оборудование: криотом (для подготовки срезов тканей), иммунофлуоресцентный имиджер и иммуногистосканер (для получения микрофотографий срезов тканей), ультразвуковой дезинтегратор, микрофлюидная станция заключения клеточных ядер в гелевые капли и система автоматического гель-электрофореза (для контроля качества библиотек). Полученные библиотеки в дальнейшем анализируются с помощью секвенатора нового поколения.